Das Altmühltal zeichnet sich durch eine hohe Artenvielfalt mit zahlreichen seltenen, bayern- und bundesweit gefährdeten Arten aus. Im Datenbestand der Bayerischen Biotopkartierung und Artenschutzkartierung sind für den Abschnitt zwischen Colmberg und Treuchtlingen nahezu 1.400 Arten dokumentiert, von denen ca. 750 Nachweise ab 2006 aufweisen. Unter ihnen sind besonders die 111 Arten der Roten Liste Bayern und 93 Arten der Roten Liste Deutschland (jeweils Kategorien 0-3) hervorzuheben. Allein 16 vom Aussterben bedrohte (Kategorie 1) und 26 stark gefährdete (Kategorie 2) Arten der bundesweiten Roten Listen kommen im Gebiet vor oder nutzen es zur Rast während der Migration.
Die im Fördergebiet noch anzutreffenden Nass-, Feucht- und Streuwiesen und Niedermoore zeichnen sich auch durch Vorkommen stark gefährdeter und in Bayern teilweise vom Aussterben bedrohter Pflanzenarten aus. Dazu zählen Seggen, wie die Hartmans Segge (Carex hartmanii, RL Bay 2), Knabenkräuter (z. B. Dactylorhiza incarnata, RL Bay 2), die Kopf-Binse (Juncus capitatus, RL Bay 1) oder das Graben-Veilchen (Viola persicifolia, RL Bay 1).
Neben den Wiesenbrütern, sind das landesweit bedeutsame Vorkommen der Vogel-Azurjungfer (Coenagrion ornatum, RL Bay 2), Vorkommen des Dunklen Wiesenknopf-Ameisenbläulings (Phengaris nausithous, RL Bay V), oder des Großen Wiesenvögelchens (Coenonympha tullia), aber auch Arten, wie der Laubfrosch (Hyla arborea, RL Bay 2) und der Kammmolch (Triturus cristatus, RL Bay 2) hervorzuheben. Das Große Wiesenvögelchen hat im Fördergebiet sein einziges bekanntes verbliebenes Vorkommen in Mittelfranken.
Artengruppe | Anzahl Arten (Kategorien 0-3) | ||
gesamt | Rote Liste Bayern | Rote Liste BRD | |
Säugetiere | 8 | - | 2 |
Vögel | 159 | 37 | 42 |
Reptilien | 3 | 2 | 1 |
Amphibien | 12 | 5 | 3 |
Fische | 1 | - | - |
Libellen | 41 | 9 | 5 |
Heuschrecken | 16 | 1 | 1 |
Schmetterlinge | 36 | 6 | 3 |
Weichtiere & Krebse | 7 | 5 | 3 |
Höhere Pflanzen | 478 | 85 | 47 |
Summe | 753 | 150 | 107 |